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NGS解析
- 【VCFPyの使い方】VCFファイルの変異情報を分析する
- 【PyDESeq2の使い方】発現変動遺伝子を解析する
- 【pytximportの使い方】転写産物ごとの発現量データを遺伝子ごとの発現量に変換する
- 【GEOの使い方】GEOでRNAseqのデータを検索する
- 【BioMartの使い方】geneIDとtranscriptIDの対応表を作成する
- 【kallistoの使い方】アラインメントフリーで遺伝子発現量を計算する
- 【fastpの使い方】FASTQのクオリティチェックとトリミング
- 【seqkitの使い方】FASTQファイルをダウンサンプリングする
- 【ファイル形式】FASTAとFASTQ
- 【fasterq-dumpの使い方】FASTQファイルを高速にダウンロードする
開発環境構築
- 【poetryの使い方】pythonプロジェクトを管理する
- 【asdfの使い方】asdfで複数バージョンのpythonをインストールする
- VS Codeの便利なショートカットキー（Windows）
- Dockerのインストールから使い方まで（Windows版）
- Dockerのインストールから使い方まで（Mac版）
python
- 【PyDESeq2の使い方】発現変動遺伝子を解析する
- 【pytximportの使い方】転写産物ごとの発現量データを遺伝子ごとの発現量に変換する
- 【poetryの使い方】pythonプロジェクトを管理する
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- 【GEOparseの使い方】GEOのデータをpythonで解析する
RNA-seq
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