ようこそ、バイオインフォマティクス予備校へ!

本サイトでは、主にバイオインフォマティクスに関する技術情報を発信しています。 これからバイオインフォマティクスを始めてみたい方のためにわかりやすく情報発信することを心がけています。

  • 2024年8月13日

【PyDESeq2の使い方】発現変動遺伝子を解析する

ぴよこ RNAseqのデータを用いて発現量が変動した遺伝子を解析したい まさる博士 それなら、PyDESeq2が便利だよ 本記事では、PyDESeq2を用いて、発現変動遺伝子を解析する方法について解説します。   PyDESeq2とは PyDESeq2の前に、DESeq2について説明します […]

  • 2024年8月12日
  • 2024年8月13日

【pytximportの使い方】転写産物ごとの発現量データを遺伝子ごとの発現量に変換する

ぴよこ kallistoで解析したデータをその後の解析にどうやって使えばいいのかわからない。調べたらtximportが便利みたいだけど、R使ったことないからできなさそう。。。 まさる博士 そんな君に朗報!tximportのpythonバージョンであるpytximportがあるよ RNAseq解析にお […]

  • 2024年5月5日

【GEOの使い方】GEOでRNAseqのデータを検索する

ぴよこ RNAseqデータの解析をしてみたいけど、どうやってデータを探していいかわからない。。。 まさる博士 GEOで検索すると、自分の解析したいデータを探すことができるよ! バイオインフォマティクスを始めるにあたって、RNA-seqのデータ解析をしてみたいけど、自分の目的に合うデータが探したい(そ […]

  • 2024年3月20日
  • 2024年3月25日

【poetryの使い方】pythonプロジェクトを管理する

本記事では、poetryの使い方を解説します。 poetryとは poetryはpythonの依存関係管理とパッケージングのためのツールです。 poetryのインストール asdfのインストール poetryのインストールですが、別の記事で解説したasdfを使うと簡単にインストールすることができます […]

  • 2024年3月20日
  • 2024年3月25日

【asdfの使い方】asdfで複数バージョンのpythonをインストールする

ぴよこ 複数のpythonのバージョンを使い分けたいんだけど、どうすればいいかな? まさる博士 それなら、asdfが便利だよ! みなさん、pythonのインストールはどのようにしていますか? 1つのバージョンだけ使うのであればpythonの公式ページからダウンロードして、インストールするのが簡単です […]

  • 2023年12月23日
  • 2024年3月25日

【GEOparseの使い方】GEOのデータをpythonで解析する

本記事では、pythonのライブラリである、GEOparseを用いて、GEOのデータを取得・解析する手法について解説します。 GEOとは NCBIのGEO(Gene Expression Omnibus)は、遺伝子発現情報のデータベースであり、マイクロアレイやRNA-seq実験などで得られたデータが […]

  • 2023年12月23日
  • 2024年3月25日

【kallistoの使い方】アラインメントフリーで遺伝子発現量を計算する

より高速な発現定量データ解析手法として、発現定量を主眼とした、ゲノムにアラインメントしない方法(アラインメントフリー)が広まりつつあります。 アラインメントフリーの手法では、これまでに知られたすべてのトランスクリプトーム配列を使って、そのどれに解読した配列が相当するかをカウントします。 この記事では […]

  • 2023年11月29日
  • 2024年3月25日

VS Codeの便利なショートカットキー(Windows)

Visual Studio Code(VS Code)は、Microsoftが開発したオープンソースのコードエディターです。多くの言語やプラットフォームに対応しており、拡張機能やデバッグツールなどの機能も豊富です。 VS Codeを使うときに便利なのが、キーボードショートカットです。キーボードショー […]

  • 2023年7月3日
  • 2024年3月25日

【fastpの使い方】FASTQのクオリティチェックとトリミング

FASTQファイルの品質管理と前処理は、下流のデータ解析において高品質で信頼性の高いデータを取得するために重要なステップです。 本記事では、アダプター配列の除去やクオリティの低いリードの除去など、FASTQファイルを高速に前処理するツールであるfastpの使い方を解説します。 MacBookAir […]