- 2025年4月16日
バイオインフォマティクスの主要なファイル形式
バイオインフォマティクスでは、ゲノムシーケンス、解析結果、アラインメント、バリアント(遺伝子多型)情報など、さまざまな生物学的データを扱います。各種ファイル形式は、データの内容や解析目的に応じて最適なフォーマットが選択され、効率的なデータ管理および解析を実現します。 本記事では、バイオインフォマティ […]
バイオインフォマティクスでは、ゲノムシーケンス、解析結果、アラインメント、バリアント(遺伝子多型)情報など、さまざまな生物学的データを扱います。各種ファイル形式は、データの内容や解析目的に応じて最適なフォーマットが選択され、効率的なデータ管理および解析を実現します。 本記事では、バイオインフォマティ […]
本記事では、回帰モデルの誤差評価指標について、pythonによる計算方法とともに解説します。 はじめに 回帰モデルの性能評価には、予測値と正解値との誤差を定量化する指標が数多く存在します。評価指標はモデルの用途やデータの特性に合わせて使い分けることが重要です。ここでは、代表的な評価指標として以下を取 […]
バイオインフォマティクスの分野では、遺伝子発現データ、DNA/タンパク質配列、腸内マイクロバイオームの組成データなど、さまざまな種類のデータを解析する際に「データ間の距離」を計算することが非常に重要となります。 本記事では、バイオインフォマティクス分野で利用される主要な距離計算手法について、Pyth […]
HDF5(Hierarchical Data Format version 5)は、巨大なデータセットや複雑なデータ構造を効率的に管理・格納するためのファイルフォーマットであり、バイオインフォマティクス分野においても非常に有用です。 本記事では、HDF5ファイルのフォーマットおよびPythonライブ […]
GFF3 (General Feature Format version 3) ファイルは、ゲノムアノテーション情報を記録するための標準的な形式です。 本記事では、GFF3ファイルの基本的なフォーマット構造と、PythonからGFF3ファイルを操作することができるBCBio-GFFの使い方を解説しま […]
BEDファイルは、ゲノム上の位置情報を表現するのによく使われるファイルフォーマットであり、ゲノムブラウザによる可視化などで使われます。 本記事では、BEDファイルフォーマットの構造とともに、pythonかBEDファイルを操作することができるpybedtoolsの使い方を解説します。 BEDファイルと […]
次世代シーケンサーの解析において、SAM/BAM形式のファイル操作は非常に重要となります。 そこで本記事では、SAM/BAMファイルの読み込みや変換ができるPythonのライブラリであるpysamを使い方を解説します。 SAMファイルとは シーケンスのアライメント結果を扱う際に広く利用される形式がS […]
VCF形式はゲノム解析において重要なファイルフォーマットであり、VCFPyはそれを扱うための効率的なPythonライブラリです。 本記事では、VCFファイルフォーマットの構造と特徴、およびVCFファイルをpythonで取り扱えうことのできるVCFPyの使い方を解説します。 VCFとは VCF (Va […]
ぴよこ RNAseqのデータを用いて発現量が変動した遺伝子を解析したい まさる博士 それなら、PyDESeq2が便利だよ 本記事では、PyDESeq2を用いて、発現変動遺伝子を解析する方法について解説します。 PyDESeq2とは PyDESeq2の前に、DESeq2について説明します […]
ぴよこ kallistoで解析したデータをその後の解析にどうやって使えばいいのかわからない。調べたらtximportが便利みたいだけど、R使ったことないからできなさそう。。。 まさる博士 そんな君に朗報!tximportのpythonバージョンであるpytximportがあるよ RNAseq解析にお […]