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「docker」の検索結果5件

docker
NGS解析
  • 2023年7月3日
  • 2024年3月25日

【fastpの使い方】FASTQのクオリティチェックとトリミング

FASTQファイルの品質管理と前処理は、下流のデータ解析において高品質で信頼性の高いデータを取得するために重要なステップです。 本記事では、アダプター配列の除去やクオリティの低いリードの除去など、FASTQファイルを高速に前処理するツールであるfastpの使い方を解説します。 MacBookAir […]

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NGS解析
  • 2023年6月26日
  • 2024年5月4日

【seqkitの使い方】FASTQファイルをダウンサンプリングする

FASTQファイルは一般に数GBを超えるような大容量のファイルになります。 データサイズが大きすぎると、取り回しが大変なので、リード数の少ないデータにして解析に使用したい場合があります。このようなリードのダウンサンプリング（サブサンプリング）は、データ全体からランダムにサンプリングすることで実現でき […]

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開発環境構築
  • 2023年6月19日
  • 2024年5月4日

Dockerのインストールから使い方まで（Windows版）

バイオインフォマティクスを始めるときに、初心者が最初にぶつかる壁が環境構築です。解析を行うためには非常にたくさんのソフトウェアをインストールして使わないといけないケースが多くあります。 この記事では、Windowsのパソコンで簡単にバイオインフォマティクスの解析をする環境を準備する方法を解説します。 […]

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NGS解析
  • 2023年6月5日
  • 2024年3月25日

【fasterq-dumpの使い方】FASTQファイルを高速にダウンロードする

  ぴよこ FASTQファイルをダウンロードしたくてNCBIのサイトをうろうろしてるんだけど、全然見つからない（汗） まさる博士 NCBIのSRAでは、FASTQファイルはブラウザからはダウンロードできないんだって 次世代シーケンサー（NGS）のデータ解析を始めるために、まずFASTQファ […]

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開発環境構築
  • 2023年6月1日
  • 2024年5月4日

Dockerのインストールから使い方まで（Mac版）

バイオインフォマティクスを始めるときに、初心者が最初にぶつかる壁が環境構築です。解析を行うためには非常にたくさんのソフトウェアをインストールして使わないといけないケースが多くあります。 この記事では、簡単にバイオインフォマティクスの解析を始められる環境を準備する方法を解説します。 結論から言うと、自 […]

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