- 2024年8月13日
【PyDESeq2の使い方】発現変動遺伝子を解析する
ぴよこ RNAseqのデータを用いて発現量が変動した遺伝子を解析したい まさる博士 それなら、PyDESeq2が便利だよ 本記事では、PyDESeq2を用いて、発現変動遺伝子を解析する方法について解説します。 PyDESeq2とは PyDESeq2の前に、DESeq2について説明します […]
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RNA-seq
- 2024年8月12日
- 2024年8月13日
【pytximportの使い方】転写産物ごとの発現量データを遺伝子ごとの発現量に変換する
ぴよこ kallistoで解析したデータをその後の解析にどうやって使えばいいのかわからない。調べたらtximportが便利みたいだけど、R使ったことないからできなさそう。。。 まさる博士 そんな君に朗報！tximportのpythonバージョンであるpytximportがあるよ RNAseq解析にお […]
- 2024年5月5日
【GEOの使い方】GEOでRNAseqのデータを検索する
ぴよこ RNAseqデータの解析をしてみたいけど、どうやってデータを探していいかわからない。。。 まさる博士 GEOで検索すると、自分の解析したいデータを探すことができるよ！ バイオインフォマティクスを始めるにあたって、RNA-seqのデータ解析をしてみたいけど、自分の目的に合うデータが探したい（そ […]
- 2023年12月23日
- 2024年3月25日
【kallistoの使い方】アラインメントフリーで遺伝子発現量を計算する
より高速な発現定量データ解析手法として、発現定量を主眼とした、ゲノムにアラインメントしない方法（アラインメントフリー）が広まりつつあります。 アラインメントフリーの手法では、これまでに知られたすべてのトランスクリプトーム配列を使って、そのどれに解読した配列が相当するかをカウントします。 この記事では […]