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まさなり

NGS解析
  • 2023年6月12日
  • 2024年3月25日

【ファイル形式】FASTAとFASTQ

FASTAとFASTQは、どちらも配列を扱うときに使われる代表的なファイル形式です。 本記事では、FASTAとFASTQの2つのファイル形式の内容について解説します。 FASTA形式とは FASTAは塩基配列やアミノ酸配列を記述するときに使われるデータ形式で、「ファスタ」もしくは「ファストエー」と読 […]

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NGS解析
  • 2023年6月5日
  • 2024年3月25日

【fasterq-dumpの使い方】FASTQファイルを高速にダウンロードする

  ぴよこ FASTQファイルをダウンロードしたくてNCBIのサイトをうろうろしてるんだけど、全然見つからない（汗） まさる博士 NCBIのSRAでは、FASTQファイルはブラウザからはダウンロードできないんだって 次世代シーケンサー（NGS）のデータ解析を始めるために、まずFASTQファ […]

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開発環境構築
  • 2023年6月1日
  • 2024年5月4日

Dockerのインストールから使い方まで（Mac版）

バイオインフォマティクスを始めるときに、初心者が最初にぶつかる壁が環境構築です。解析を行うためには非常にたくさんのソフトウェアをインストールして使わないといけないケースが多くあります。 この記事では、簡単にバイオインフォマティクスの解析を始められる環境を準備する方法を解説します。 結論から言うと、自 […]

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