- 2025年4月3日
【pybedtoolsの使い方】BEDファイルを操作する
BEDファイルは、ゲノム上の位置情報を表現するのによく使われるファイルフォーマットであり、ゲノムブラウザによる可視化などで使われます。 本記事では、BEDファイルフォーマットの構造とともに、pythonかBEDファイルを操作することができるpybedtoolsの使い方を解説します。 BEDファイルと […]
- 2025年4月3日
- 2025年4月3日
【pysamの使い方】SAM/BAMファイルを変換する
次世代シーケンサーの解析において、SAM/BAM形式のファイル操作は非常に重要となります。 そこで本記事では、SAM/BAMファイルの読み込みや変換ができるPythonのライブラリであるpysamを使い方を解説します。 SAMファイルとは シーケンスのアライメント結果を扱う際に広く利用される形式がS […]
- 2025年4月1日
- 2025年4月1日
【VCFPyの使い方】VCFファイルの変異情報を分析する
VCF形式はゲノム解析において重要なファイルフォーマットであり、VCFPyはそれを扱うための効率的なPythonライブラリです。 本記事では、VCFファイルフォーマットの構造と特徴、およびVCFファイルをpythonで取り扱えうことのできるVCFPyの使い方を解説します。 VCFとは VCF (Va […]
- 2024年8月13日
【PyDESeq2の使い方】発現変動遺伝子を解析する
ぴよこ RNAseqのデータを用いて発現量が変動した遺伝子を解析したい まさる博士 それなら、PyDESeq2が便利だよ 本記事では、PyDESeq2を用いて、発現変動遺伝子を解析する方法について解説します。 PyDESeq2とは PyDESeq2の前に、DESeq2について説明します […]
- 2024年8月12日
- 2024年8月13日
【pytximportの使い方】転写産物ごとの発現量データを遺伝子ごとの発現量に変換する
ぴよこ kallistoで解析したデータをその後の解析にどうやって使えばいいのかわからない。調べたらtximportが便利みたいだけど、R使ったことないからできなさそう。。。 まさる博士 そんな君に朗報！tximportのpythonバージョンであるpytximportがあるよ RNAseq解析にお […]
- 2024年5月5日
【GEOの使い方】GEOでRNAseqのデータを検索する
ぴよこ RNAseqデータの解析をしてみたいけど、どうやってデータを探していいかわからない。。。 まさる博士 GEOで検索すると、自分の解析したいデータを探すことができるよ！ バイオインフォマティクスを始めるにあたって、RNA-seqのデータ解析をしてみたいけど、自分の目的に合うデータが探したい（そ […]
- 2024年5月4日
【BioMartの使い方】geneIDとtranscriptIDの対応表を作成する
ぴよこ RNA-seqのデータを解析したけど、結果が転写産物IDごとになってる。遺伝子ごとに変換したいんだけど、どうやってやればいいの？ まさる博士 それなら、EnsemblのBioMartを使うといいよ！ 遺伝子の解析をしていると、geneIDやtranscriptIDを変換したり、遺伝子名に変換 […]
- 2024年3月20日
- 2024年3月25日
【poetryの使い方】pythonプロジェクトを管理する
本記事では、poetryの使い方を解説します。 poetryとは poetryはpythonの依存関係管理とパッケージングのためのツールです。 poetryのインストール asdfのインストール poetryのインストールですが、別の記事で解説したasdfを使うと簡単にインストールすることができます […]
- 2024年3月20日
- 2024年3月25日
【asdfの使い方】asdfで複数バージョンのpythonをインストールする
ぴよこ 複数のpythonのバージョンを使い分けたいんだけど、どうすればいいかな？ まさる博士 それなら、asdfが便利だよ！ みなさん、pythonのインストールはどのようにしていますか？ 1つのバージョンだけ使うのであればpythonの公式ページからダウンロードして、インストールするのが簡単です […]
- 2023年12月23日
- 2024年3月25日
【GEOparseの使い方】GEOのデータをpythonで解析する
本記事では、pythonのライブラリである、GEOparseを用いて、GEOのデータを取得・解析する手法について解説します。 GEOとは NCBIのGEO（Gene Expression Omnibus）は、遺伝子発現情報のデータベースであり、マイクロアレイやRNA-seq実験などで得られたデータが […]