kallisto

• 2024年8月12日
• 2024年8月13日

【pytximportの使い方】転写産物ごとの発現量データを遺伝子ごとの発現量に変換する

ぴよこ kallistoで解析したデータをその後の解析にどうやって使えばいいのかわからない。調べたらtximportが便利みたいだけど、R使ったことないからできなさそう。。。 まさる博士 そんな君に朗報！tximportのpythonバージョンであるpytximportがあるよ RNAseq解析にお […]

• 2023年12月23日
• 2024年3月25日

【kallistoの使い方】アラインメントフリーで遺伝子発現量を計算する

より高速な発現定量データ解析手法として、発現定量を主眼とした、ゲノムにアラインメントしない方法（アラインメントフリー）が広まりつつあります。 アラインメントフリーの手法では、これまでに知られたすべてのトランスクリプトーム配列を使って、そのどれに解読した配列が相当するかをカウントします。 この記事では […]