- 2025年4月15日
回帰分析の誤差評価指標
本記事では、回帰モデルの誤差評価指標について、pythonによる計算方法とともに解説します。 はじめに 回帰モデルの性能評価には、予測値と正解値との誤差を定量化する指標が数多く存在します。評価指標はモデルの用途やデータの特性に合わせて使い分けることが重要です。ここでは、代表的な評価指標として以下を取 […]
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- 2025年4月15日
バイオインフォマティクスデータの距離計算の方法
バイオインフォマティクスの分野では、遺伝子発現データ、DNA／タンパク質配列、腸内マイクロバイオームの組成データなど、さまざまな種類のデータを解析する際に「データ間の距離」を計算することが非常に重要となります。 本記事では、バイオインフォマティクス分野で利用される主要な距離計算手法について、Pyth […]
- 2025年4月9日
【h5pyの使い方】HDF5のデータを操作する
HDF5（Hierarchical Data Format version 5）は、巨大なデータセットや複雑なデータ構造を効率的に管理・格納するためのファイルフォーマットであり、バイオインフォマティクス分野においても非常に有用です。 本記事では、HDF5ファイルのフォーマットおよびPythonライブ […]
- 2025年4月4日
【BCBio-GFFの使い方】GFF3をpythonで操作する
GFF3 (General Feature Format version 3) ファイルは、ゲノムアノテーション情報を記録するための標準的な形式です。 本記事では、GFF3ファイルの基本的なフォーマット構造と、PythonからGFF3ファイルを操作することができるBCBio-GFFの使い方を解説しま […]
- 2025年4月3日
【pybedtoolsの使い方】BEDファイルを操作する
BEDファイルは、ゲノム上の位置情報を表現するのによく使われるファイルフォーマットであり、ゲノムブラウザによる可視化などで使われます。 本記事では、BEDファイルフォーマットの構造とともに、pythonかBEDファイルを操作することができるpybedtoolsの使い方を解説します。 BEDファイルと […]
- 2025年4月3日
- 2025年4月3日
【pysamの使い方】SAM/BAMファイルを変換する
次世代シーケンサーの解析において、SAM/BAM形式のファイル操作は非常に重要となります。 そこで本記事では、SAM/BAMファイルの読み込みや変換ができるPythonのライブラリであるpysamを使い方を解説します。 SAMファイルとは シーケンスのアライメント結果を扱う際に広く利用される形式がS […]
- 2024年8月13日
【PyDESeq2の使い方】発現変動遺伝子を解析する
ぴよこ RNAseqのデータを用いて発現量が変動した遺伝子を解析したい まさる博士 それなら、PyDESeq2が便利だよ 本記事では、PyDESeq2を用いて、発現変動遺伝子を解析する方法について解説します。 PyDESeq2とは PyDESeq2の前に、DESeq2について説明します […]
- 2024年8月12日
- 2024年8月13日
【pytximportの使い方】転写産物ごとの発現量データを遺伝子ごとの発現量に変換する
ぴよこ kallistoで解析したデータをその後の解析にどうやって使えばいいのかわからない。調べたらtximportが便利みたいだけど、R使ったことないからできなさそう。。。 まさる博士 そんな君に朗報！tximportのpythonバージョンであるpytximportがあるよ RNAseq解析にお […]
- 2024年3月20日
- 2024年3月25日
【poetryの使い方】pythonプロジェクトを管理する
本記事では、poetryの使い方を解説します。 poetryとは poetryはpythonの依存関係管理とパッケージングのためのツールです。 poetryのインストール asdfのインストール poetryのインストールですが、別の記事で解説したasdfを使うと簡単にインストールすることができます […]
- 2024年3月20日
- 2024年3月25日
【asdfの使い方】asdfで複数バージョンのpythonをインストールする
ぴよこ 複数のpythonのバージョンを使い分けたいんだけど、どうすればいいかな？ まさる博士 それなら、asdfが便利だよ！ みなさん、pythonのインストールはどのようにしていますか？ 1つのバージョンだけ使うのであればpythonの公式ページからダウンロードして、インストールするのが簡単です […]