- 2023年6月26日
- 2024年5月4日
【seqkitの使い方】FASTQファイルをダウンサンプリングする
FASTQファイルは一般に数GBを超えるような大容量のファイルになります。 データサイズが大きすぎると、取り回しが大変なので、リード数の少ないデータにして解析に使用したい場合があります。このようなリードのダウンサンプリング（サブサンプリング）は、データ全体からランダムにサンプリングすることで実現でき […]
CATEGORY
NGS解析
- 2023年6月12日
- 2024年3月25日
【ファイル形式】FASTAとFASTQ
FASTAとFASTQは、どちらも配列を扱うときに使われる代表的なファイル形式です。 本記事では、FASTAとFASTQの2つのファイル形式の内容について解説します。 FASTA形式とは FASTAは塩基配列やアミノ酸配列を記述するときに使われるデータ形式で、「ファスタ」もしくは「ファストエー」と読 […]
- 2023年6月5日
- 2024年3月25日
【fasterq-dumpの使い方】FASTQファイルを高速にダウンロードする
ぴよこ FASTQファイルをダウンロードしたくてNCBIのサイトをうろうろしてるんだけど、全然見つからない（汗） まさる博士 NCBIのSRAでは、FASTQファイルはブラウザからはダウンロードできないんだって 次世代シーケンサー（NGS）のデータ解析を始めるために、まずFASTQファ […]